பரிணாமத்தை பொய்யாக்குமா சோம்பேறி ஜீன்கள்!!!!!!

 

வணக்கம் நண்பர்களே,

ஒரு வழியாக ஒரு பரிணாம எதிர்ப்பு பதிவிட்ட கல("கை" அல்ல)கலப்பு சகோக்களுக்கு நன்றி.அப்பதிவை இங்கே படியுங்கள்.

என்ன சொல்கிறார்கள்?

http://www.ethirkkural.com/2012/03/blog-post.html

அவர்கள் பதிவின் சாரமானது.

[இது ஆய்வு கட்டுரையில் இருந்து எடுக்கப்பட்டது என்றாலும் சில விவரங்களை வழக்கம் போல் தவிர்த்து விட்டார்.அதனை பிறகு பார்ப்போம் .முதலில் அவரது கருத்தை உள் வாங்குவோம்.]

1.// பயனுள்ள மரபணுக்கள் என்பவை, புரதங்களை உருவாக்கும் விதிமுறைகளை (Instructions) தன்னகத்தே கொண்டவை. ஆயிரக்கணக்கான புரதங்கள் ஒருங்கிணைந்து நம் உடலை உருவாக்கவும், பராமரிக்கவும் செய்கின்றன. 

பயனற்ற மரபணுக்கள் என்பவை, இத்தகைய செயற்பாடுகளை செய்வதில்லை. அதுமட்டுமில்லாமல், இவை எதற்காக இருக்கின்றன என்பதே நீண்ட காலத்திற்கு புரியாத புதிராகவே இருந்தது/இருந்துக்கொண்டிருக்கின்றது. 

பார்பரா முதற்கொண்டு சில ஆய்வாளர்கள், இவை பயனுள்ள மரபணுக்களை ஒழுங்குபடுத்தும் செயலை செய்யலாம் என்பதாக கூறினாலும் இதனை உறுதிப்படுத்த முடியவில்லை. ஆகையால் குப்பை மரபணுக்கள் என்ற பெயர் நிலைத்துவிட்டது. //

சரியான் விளக்க்மா இது?

http://en.wikipedia.org/wiki/Noncoding_DNA

In genetics, noncoding DNA describes components of an organism's DNA sequences that do not encode for protein sequences. In many eukaryotes, a large percentage of an organism's total genome size is noncoding DNA, although the amount of noncoding DNA, and the proportion of coding versus noncoding DNA varies greatly between species.

Much of this DNA has no known biological function and is sometimes referred to as "junk DNA". However, many types of noncoding DNA sequences do have known biological functions, including the transcriptional and translational regulation of protein-coding sequences. Other noncoding sequences have likely, but as-yet undetermined, functions (this is inferred from high levels of homology and conservation seen in sequences that do not encode proteins but, nonetheless, appear to be under heavy selective pressure). While this indicates that noncoding DNA should not be indiscriminately referred to as junk DNA, the lack of sequence conservation in a majority of noncoding DNA with no known function indicates that much of it may indeed be without function.

இந்த  Junk DNA  என்பது புரதம்(ப்ரோட்டின்) உருவாக்கும் பணி செய்யாத ,அதன் பணி இன்னதென்று அறியப்டாத ஜீன்கள் என்றே விக்கிபிடியா கூறுகிறது.இந்த Junk DNA என்னும் பதம் அதிகம் பரிணாம் எதிர்ப்பாளர்களால் பயன்படுத்தப் படுகிறது..இருப்பினும் பணியை செய்யாத ஜீன்களை சோம்பேறி ஜீன்கள் என்று நாம் பெயர் சூட்டுவோம்.

2.//மரபணுக்களை சோதித்தவர்களுக்கு ஆச்சர்யம் மேல் ஆச்சர்யம் காத்திருந்தது. SLC7A2 என்ற மரபணுவில் தான் பிரச்சனை என்று கண்டுபிடிக்கப்பட்டது. நோயால் பாதிக்கப்பட்டவர்களின் இந்த மரபணுவானது, பாதிக்கப்படாதவர்களின் அதே மரபணுவை காட்டிலும் வித்தியாசமாக இருந்தது. 

ஆக, இந்த மரபணுவில் ஏற்பட்ட (இயல்புக்கு மாறான) மாற்றம் தான் நோய்க்கான காரணம் என்று கண்டயறியப்பட்டது. இதில், கவனிக்க வேண்டிய இன்னொரு விசயம் என்னவென்றால், இந்த மரபணுவானது, LINE jumping மற்றும் SINE element எனப்படும் மரபணுக்களோடு தொடர்புடையது. ஆக, இந்த மூன்று மரபணுக்கள் தான் இந்த நோய்க்கு பின்னணியில் இருக்கின்றன என்பது தெளிவானது.// 

இயல்பான நிலைக்கு மாறாக சில மரபணுக்கள் இருப்பதால் நோய் ஏற்பட்டிருக்கின்றது, இதில் என்ன வியப்பு என்று நீங்கள் கேட்கலாம். அங்கு தான் விசயமே இருக்கின்றது. 

ரெயுனிஒன் தீவின் வினோதமான நோய்க்கு SLC7A2, LINE jumping & SINE element போன்ற மரபணுக்கள் தான் காரணம் என்று மேலே பார்த்தோம் அல்லவா?

இவை என்ன தெரியுமா? இதுநாள்வரை குப்பை மரபணுக்கள் என்று கருதப்பட்டவையே இவை. Oooooooopppppppppppppssssssssss....//

மரபணுவில் ஏற்பட்ட (இயல்புக்கு மாறான) மாற்றம் என்பது அதில் எற்பட்ட சிறுமாற்றம் [mutation] என்பதை வழக்கம் போல் மறைக்கிறார்.பரிணமத்தின் செய்லபாடுகளுல் ஒன்றான டி என் ஏ பிரதி எடுக்கும் போது நிகழும் தவறுகளில் ஏற்படுவது சிறுமாற்றம்[mutation]. இந்த SLC7A2 மரபணு குப்பை ஜீன் என்று சொல்கிறார் ப.எ.க.சகோ. அதனை சரி பார்ப்போம்!!!!!

http://en.wikipedia.org/wiki/SLC7A2

Low affinity cationic amino acid transporter 2 is a protein that in humans is encoded by the SLC7A2 gene.^[1][2]

அந்த SLC7A2 ஜீன் ஏதோ ப்ரோட்டின் தயாரிப்பது போல் தெரிகிறதே.அப்போது அது குப்பை அல்லது சோம்பேறி ஜீன் அல்லவா!!!!

.

http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC7A2

3//இந்த மரபணுக்களில் ஏற்படும் மாற்றம் உயிர்க்கொல்லி நோய்க்கு வழிவகுக்கின்றது என்றால் இவற்றை எப்படி குப்பையாக கருத முடியும்?//

அந்த SLC7A2 ஜீன் குப்பை ஜீன் அல்ல எனில் அதில் ஏற்படும் மாற்றம் பாதிப்பது ஒன்றும் பிரச்சினையே அல்ல.

முதலில் SLC7A2 ஒரு குப்பை ஜீன் என நிரூபிக்க வேண்டுகிறோம்.

சரி அவர் கூறும் ஆய்வுக்கட்டுரை என்ன கூறுகிறது.?

// To find out what was going on, the researchers began testing the DNA of several families that showed a proclivity for harboring the disease. Some actually had it, while some did not. Comparing the two allowed the team to track down which differences in their genes might be accounting for the presence of the disease. Much to their surprise, they found it lay within gene SLC7A2, which is known to be used by the brain during its development stage. But what was most remarkable was the fact that it was a single letter change, from an A to a G, found inside an intron, which was in turn embedded in a LINE jumping gene, which was itself inside of a dead jumping gene called a SINE element, all three of which were up to now, considered junk genes. The researchers found that if a child got the G marker from just one parent, it was safe. One from each however, meant developing Ravine encephalopathy.//

முதலில் குப்பை ஜீன்களாக் அக்கட்டுரையில் கூறப்படுவது எது?

நிச்சயம்  SLC7A2 ஆக இருக்க முடியாது!!!!!!!!!!!!.ஆனால் பரிணாம் எதிர்ப்பு சகோ கட்டுரையில் கூறப்படுகிறது.முற்று முழுக்க தவறான் விடயம்.!!!!!!!!!!!!!

அதில் இன்ட்ரான்[intron] என்பது லைன் ஜம்பிங் ஜீனுக்குள் உள்ளது,இரண்டும் சைன் ஜீன்[sine element gene] என்பத்ற்குள் உள்ளது.இந்த சைன் ஜீன் ஒருவகை ட்ரான்ஸ்போசான்[transposan] என்பதைக் கூறுகிறது.இவைதான் குப்பை ஜீன்களாக் கருதப்பட்டவையே தவிர  SLC7A2 அல்ல!!!!!!!!

சரி ட்ரான்ஸ்போசான் என்பது செல்லின் உள்ள ஒரு அமிலத் தொகுப்பு வரிசை இது ஜீனோமின் பகுதிகளான் எந்த ஜீனோமிலும் சென்று இணைய முடியும். ஆகவே அந்த மூன்று குப்பை ஜீன்கள்[intron+line jumping gene+sine element gene] சென்று     பயன்படும் ஜீன் ஆகிய  SLC7A2 ல் சேர்ந்த போது அதில் ஒரு சிறு மாற்றம்[mutation] ஏற்பட்டதுதான் நோய்க்கு காரணம்.[]




இன்னும் தெளிவாக் கூற வேண்டும் எனில் குப்பை ஜீனில் ஏற்பட்ட சிறுமாற்றம்[mutation in retrotransbosan] அது சேர்ந்த ஜீனையும் பாதித்தது.ஒருவேளை குப்பை ஜீன்கள் ட்ரான்ஸ்போசான்களாக் இல்லாமல் இருந்தால் அவை ஏதாவது பாதிப்பு ஏற்படுத்தி இருக்குமா என்பது சந்தேகமே!.


ஆகவே இங்கு அவை சிறுமாற்றத்துடன் கூடிய ட்ரான்ஸ்போசான் அது இணைந்த ஜீனின் வேலையை பாதித்தது க்ண்டு பிடிக்கப்பட்டுள்ளதுதான் புதிய விவரம்.

http://en.wikipedia.org/wiki/Intron

http://en.wikipedia.org/wiki/Retrotransposon

Retrotransposons (also called transposons via RNA intermediates) are genetic elements that can amplify themselves in a genome and are ubiquitous components of the DNA of manyeukaryotic organisms. They are a subclass of transposon. They are particularly abundant in plants, where they are often a principal component of nuclear DNA. In maize, 49-78% of the genome is made up of retrotransposons.^[1] In wheat, about 90% of the genome consists of repeated sequences and 68% of transposable elements.^[2] In mammals, almost half the genome (45% to 48%) comprises transposons or remnants of transposons. Around 42% of the human genome is made up of retrotransposons while DNA transposons account for about 2-3%.^[3]

நகத்தில் அழுக்கு இருக்கிறது அதில் கொடும் நஞ்சு இருக்கிறது என்று வைத்துக் கொள்வோம். அது கண்ணில் பட்டு கண் கெட்டுப் போனால் அழுக்கு பயன்படும் பொருள் ஆகிவிடுமா!!!!!!!!!

http://www.pnas.org/content/early/2012/03/06/1111596109.abstract 

Mutation in a primate-conserved retrotransposon reveals a noncoding RNA as a mediator of infantile encephalopathy

Abstract

The human genome is densely populated with transposons and transposon-like repetitive elements. Although the impact of these transposons and elements on human genome evolution is recognized, the significance of subtle variations in their sequence remains mostly unexplored. Here we report homozygosity mapping of an infantile neurodegenerative disease locus in a genetic isolate. Complete DNA sequencing of the 400-kb linkage locus revealed a point mutation in a primate-specific retrotransposon that was transcribed as part of a unique noncoding RNA, which was expressed in the brain. In vitro knockdown of this RNA increased neuronal apoptosis, consistent with the inappropriate dosage of this RNA in vivo and with the phenotype. Moreover, structural analysis of the sequence revealed a small RNA-like hairpin that was consistent with the putative gain of a functional site when mutated. We show here that a mutation in a unique transposable element-containing RNA is associated with lethal encephalopathy, and we suggest that RNAs that harbor evolutionarily recent repetitive elements may play important roles in human brain development.

THE GREATEST COMEDY!!!!!!!!!!!!!

// ரெயுனிஒன் தீவின் வினோதமான நோய்க்கு SLC7A2, LINE jumping & SINE element போன்ற மரபணுக்கள் தான் காரணம் என்று மேலே பார்த்தோம் அல்லவா?

இவை என்ன தெரியுமா? இதுநாள்வரை குப்பை மரபணுக்கள் என்று கருதப்பட்டவையே இவை. Oooooooopppppppppppppssssssssss.....//

மேலே கூறியது தவறு!.இப்ப‌டி கூற வேண்டும்!!!!!!!!!!!

ரெயுனிஒன் தீவின் வினோதமான நோய்க்கு intron, LINE jumping & SINE element போன்ற குப்பை ஜீன்கள் SLC7A2 ஜீனில் ஏற்படுத்திய மாற்றம்தான்[mutation]. காரணம்

ப.எ.க.சகோவிற்கு மூன்றாவது  இன்ட்ரான் என்பதும் இந்த மூன்றும் சேர்ந்த குப்பை பயன்பாடுள்ள SLC7A2 ஜீனில் மோசமான் சிறு மாற்றத்தை ஏற்படுதியது என்பது புரியவில்லை என்பது அனைவருக்கும் தெளிவாக விள்ங்கும் என நம்புகிறேன்.

http://blogs.discovermagazine.com/notrocketscience/2012/03/12/under-three-layers-of-junk-the-secret-to-a-fatal-brain-disease/

// There’s a similar story behind many genetic diseases, but this one had a twist: the mutation was nestled within three layers of junk. Cartault found that it lay inside a jumping gene called a LINE element. These bits of DNA can copy themselves and paste the duplicates elsewhere in the genome. They’re so good at multiplying that they make up around 17 per cent of our genome. This particular LINE element was stranded. It had degenerated to the point where it could no longer jump.

But that wasn’t all. The LINE element was embedded within another stranded jumping gene called a SINE element. These are similar in character but shorter. They make up 11 per cent of our genome.

And the SINE element, in turn, lay inside an intron – the part of a gene that’s eventually thrown away. When genes are activated, their DNA is converted into a related molecule called RNA. At this point, several introns are snipped out. The remaining segments – the exons – are glued together, and they’re the ones that contain instructions for making proteins

//

அக்கட்டுரையில் இன்ட்ரான் அதுக்கு மேலே லைன் அதுக்கு மேலே சைன் என்றார்கள்.இக்கட்டுரையில் கொஞ்சம் மாற்றமாக லைன் அதுக்கு மேலே சைன் அதுக்குமேலே இன்ட்ரான் என்கிறார்கள்.

எது எப்ப்டியோ இந்த மூன்றும்தான் intron+Line jumping gene+sine element gene குப்பை ஜீன்களே தவிர SLC7A2 அல்ல.அந்த மூன்றடுக்கு குப்பை ஜீன் ஒரு ட்ரான்ஸ்போசான்.SLC7A2 ஒரு பயன்படும்[making protein] ஜீன். இவை  மூன்றும்[intron+Line jumping gene+sine element gene] பயன்படும் SLC7A2 ஜீனில் சேர்ந்து உருவாக்கிய சிறு மாற்றமே [mutation] நோய்க்கு காரணம்.

அதாவது குப்பை ஜீன் ஒரு பயன்பாடுள்ள ஜீனில் சேரும் போது ஒரு கெட்ட விளைவை மட்டும் எப்போதும் உருவாக்குமா?,அப்படியெனில் அப்ப்குதியை நீக்கினால் கருவில் இதனை தவிர்க்க முடியுமா?

 நல்ல விளைவுகளை குப்பை ஜீன்களை நல்ல ஜீன்களில் இணைத்து உருவாக்க முடியுமா என்பது நம் கேள்விகள் இக்கட்டுரை குப்பை ஜீன்களை ஜீனோமில் வெட்டி ஒட்டி நல்ல விளைவுகளை ஏற்படுத்த முடியும் என 2009லேயே கூறிவிட்டது,இதை ஏன் கூறவில்லை ப.எ.க சகோ!!!!!!!!.

கெட்டது குறித்தே சிந்திக்கும் திறன் மிகவும் அருமை.

Junk DNA may prove invaluable in quest for gene therapies

September 21, 2009

Scientists have identified how a protein enables sections of so-called junk DNA to be cut and pasted within genetic code - a finding which could speed development of gene therapies.

http://www.physorg.com/news172754474.html

முடிவாக என்ன கூறுகிறோம்?.

1.பயன்படுதப்படாத ஜீன் எது என்றே அறியாமல் பதிவிடப்பட்ட பயனற்ற பரிணாம் எதிர்ப்பு குப்பை பதிவே அது.குப்பை ஜீன்கள் வேறு ஜீன்களின் வெட்டி ஒட்ட்ப்படுவதும்,அது சில நிகழ்வுகளை ஏற்படுத்துவது புதிதல்ல என்பது காணொளியில் குறிப்பிடுவதை கேட்டால் புரிந்து விடும். அதிகபட்சம் இந்த குறிப்பிட்ட நோயை உருவாக்கும் குப்பை ஜீன் வேண்டுமானால் புதிதாக் இருக்கலாம்

2.பயன்படுத்தப்ப்டாத ஜீன்கள் குறித்த பல விடயங்கள் ஆய்வில் உள்ளன. ஜீனோமில் உள்ள அனைத்து ஜீன்களின் பணியும் தெளிவாக ஐயந்திரிபர வரையறுக்கப்படும் வரை அறிவியலில் மாறுபட்ட வித்தியாசமான் கருத்துகள் விவாதங்கள் இருப்பது இயல்பே.

3. இந்த பரிணாம கொள்கையும் மூலகூறு அறிவியலின் ஆதாரம் பற்றி விரைவில் ஒரு தொடர் எழுதுவோம்.

Learn more about line and sine transposans!!!!!!!!!!!!!!

http://waynesword.palomar.edu/transpos.htm 

விவாதம்,விள்க்கம் அளிக்க தயாராக உள்ளோம்!!!!!!

நண்பர்கள் அக்கட்டுரையில் கூறப்படுவது போல்SLC7A2 ஜீன் பயன்படாத ஜீன் அல்ல அதில் ஒரு மூன்றடுக்கு குப்பை ஜீன் வந்ததினால் ஏற்பட்ட சிறுமாற்றம்[mutation] தான் நொய்க்கு காரணம் என அறிந்தால் போதும்!!!!!!!!!

விவாதம் இல்லையெனில் அடுத்த பரிணாம எதிர்ப்பு பதிவு சீகிரம் இட வேண்டுகிறோம்.

****************

நமது விள்க்கமான முயுடேஷன் நிகழ்ந்த ரெட்ரோ போசான் ஜீனின் இன்டரான் பகுதியில் இணைந்ததால் நோய் ஏற்படும் வாய்ப்பு உண்டானது என்பது முக்கிய ஆய்வுக் கட்டுரையில் குறிப்படுவது அல்ல என நண்பர் சாதிக் கருத்து தெரிவித்தார்.


அது நிகழும் வாய்ப்பு உள்ளதை உறுதிசெய்ய்லாம் என்றாலும் இக்கட்டுரையில் இல்லை என மட்டுமே கூறுகிறோம்.


சரி அவரின் விள்க்கத்தையே ஏற்கிறோம்


அதாவது ஜீனின் இன்ட்ரான் பகுதியில் இணைந்து இருந்து இரு ரெட்ரோ ட்ரான்ஸ்போசான்களின்[LINE+SIN] உள் நிகழ்ந்த பாயிண்ட் முயுட்டேஷன் நோய் ஏற்படும் வாய்ப்பு உண்டாக்கியது.




நன்றி டாக்டர் சாதிக்.

 **************

நன்றி!!!!!!!